PCR實驗室分為四個區(qū)域，進入各工作區(qū)域必須嚴格按照單一方向進行，不同的工作區(qū)域使用不同的工作服（例如不同的顏色）。工作人員離開各工作區(qū)域時，不得將工作服帶出，四區(qū)域分別為：
1.試劑配制區(qū)n
2.樣品處理區(qū)n
3.核酸擴增區(qū)n
4.產(chǎn)物分析區(qū)n
如使用全自動分析儀，區(qū)域可適當合并,三四區(qū)可合并為擴增產(chǎn)物分析。

各區(qū)的功能是：
    1.1.1 試劑準備區(qū)：擴增試劑的配制、分裝和保存。
    1.1.2 樣品處理區(qū)：樣品登記、分裝；核酸提取、保存和加樣。
    1.1.3 擴增產(chǎn)物分析區(qū)：擴增產(chǎn)物的測定、結(jié)果分析、登記及報告。
    1.2 擴增前區(qū)與擴增后區(qū)應嚴格分開，須使用不同的房間，兩區(qū)之間*好有一定的間隔。
    1.3 使用商品化試劑盒可在樣品處理區(qū)進行少量試劑配制。
    1.4 在滿足下列操作和清潔處理要求的前提下樣品處理區(qū)和試劑準備區(qū)可設在同一房間內(nèi)：
    1.4.1 在生物安全柜內(nèi)操作。
    1.4.2 每個實驗人員、實驗組分別使用各自的試劑及耗材。
    1.4.3 盛放污染材料的器皿密封并一次性使用。
    1.4.4 用有效的方法對操作區(qū)域和共享器具在實驗前后進行清潔及消毒。

設計要求：

    PCR實驗室可以是分散形式，也可以是組合形式,現(xiàn)要主要是以組合形式為主流。完成一組PCR實驗，通常應經(jīng)過試劑配制、樣品處理、核酸擴增及產(chǎn)物分析四個實驗過程，若實驗工藝需要，還應增加樣品粉碎過程。
一、分散形式PCR實驗室
    所謂分散形式PCR實驗室，是指完成上述實驗過程的實驗用房彼此相距較遠，呈分散布置形式。對于這種布置形式的PCR實驗室，由于各個實驗之間不易相互干擾，因此無需特殊條件要求。

二、組合形式PCR實驗室
    所謂組合形式PCR實驗室, 是指完成PCR四個實驗過程的實驗用房相鄰布置，組成獨立實驗區(qū)域的形式。對于組合形式PCR實驗室，由于各個實驗間集中布置，容易造成相互干擾，因此，對總體布局以及屏障系統(tǒng)具有一定的要求。各室在入口處設緩沖間，以減少室內(nèi)外空氣交換。